2009年，是我国深化医药卫生体制改革全面启动和整体推进的一年。最近召开的全国卫生工作会议确定了今后三年要着力做好的五项重点工作。
一、加快推进基本医疗保障制度建设，巩固完善新型农村合作医疗制度。
一是2009年地方财政补助不得少于人均40元，明年进一步提高财政补助和个人缴费水平。二是基金结余当年不得超过当年筹资总额的15%，累计结余不超过当年筹资总额的25%。三是全面实行参合农民在统筹区域范围内所有定点医疗机构自主选择就医。四是建立健全新农合管理经办体系，合理设置机构，确定人员编制，加强人员培训，保障工作经费。五是加大对新农合基金的监管力度，对基金的使用和补偿，坚持县、乡、村三级定期公示制度。六是建立健全新农合定点医疗机构的准入和退出机制。七是推广单病种定额付费，探索总额预付，推行医药费用清单制、平均住院费用公示及警示制度。
二、加快建设国家基本药物制度，为人民群众提供安全有效、优质价廉的药品。
一是建立健全药物政策和基本药物制度管理机构，颁布国家基本药物目录（2009版）。二是制订医疗机构的基本药物优先选择和合理使用政策及措施，政府举办的基层医疗卫生机构原则上全部配备使用基本药物。三是制订国家基本药物目录管理办法和生产供应招投标管理办法，公共卫生服务和应急医疗救助中使用的基本药物主要由政府支付，基本医疗服务中使用的基本药物全部纳入基本医疗保障体系药物报销目录。四是开展合理用药舆论宣传与教育引导工作，选择部分地区开展基本药物制度试点。
三、合理配置卫生资源，大力加强城乡基层医疗卫生服务机构建设。
加强农村医疗服务能力。一是完善农村三级医疗卫生服务网络。2009年开始，在三年内中央重点支持2000所县医院、2.9万所乡镇卫生院建设，改扩建5000所中心卫生院，实现每个行政村都有一个标准化的村卫生室。二是采取定向免费培养方式，扩大实施乡镇卫生院执业医师招聘计划。三是每所城市三级医院要与3所左右县医院建立长期对口协作关系。四是落实好城市医院和疾病预防控制机构有资质医生晋升中高级职称前到农村服务一年以上的政策。五是政府负责其举办的乡镇卫生院的基本建设、设备购置、人员经费及其承担公共卫生服务的业务经费。六是医务人员的工资水平，要与当地事业单位工作人员平均工资水平相衔接，妥善解决并逐步提高对乡村医生的补助，建立乡村医生养老保险制度。七是积极推进乡镇卫生院收支两条线管理。八是全面实行人员聘用制，建立以服务质量和服务数量为核心、以岗位责任与绩效为基础的绩效考核和绩效工资制度。九是推进县乡卫生机构纵向技术合作。
大力发展城市社区卫生服务。一是三年内新建或改造3700所社区卫生服务中心和1.1万个社区卫生服务站。二是完善社区卫生机构功能，特别是要加强健康教育、免疫接种、妇幼保健、老年保健、慢病管理等预防保健服务功能。三是加强社区卫生机构卫生服务人员的岗位培训。四是政府负责其举办的社区卫生服务中心和站的基本建设、设备购置、人员经费及其承担公共卫生服务的业务经费。五是推进社区卫生机构收支两条线管理和药品统一招标、统一配送和零差率销售。六是制订并完善基本公共卫生服务项目规范，优先使用适宜技术、适宜设备和基本药物，开展城市社区首诊和双向转诊试点工作。
四、促进基本公共卫生服务均等化，全面做好重大疾病防治工作。
一是基本公共卫生服务要覆盖城乡全体居民，要逐步建立居民健康档案，为65岁以上老年人进行健康检查，为3岁以下婴幼儿提供生长发育检查，为孕产妇提供产前检查和产后访视，为35岁以上妇女提供宫颈癌和乳腺癌筛查，为高血压、糖尿病、精神疾病等慢性病患者提供社区干预措施。二是乙肝疫苗免费接种由6岁扩大至15岁，农村妇女孕前和孕早期补服叶酸，贫困白内障患者复明。三是加强公共卫生服务能力建设，以精神卫生、卫生监督、妇幼保健等公共卫生机构建设为重点领域。四是落实城乡公共卫生经费保障机制。专业公共卫生机构人员、发展建设、公用经费和业务经费由政府预算全额安排，服务性收入上缴财政专户或纳入预算管理。2009年人均基本公共卫生服务经费标准不低于15元，2011年不低于20元。
五、推进公立医院改革试点，加强医疗服务管理和监管。
一是改革公立医院管理体制，探索建立以医院管理委员会为核心的公立医院法人治理结构。二是改革公立医院补偿机制。政府负责公立医院基本建设和大型医用设备购置、重点学科发展、住院医师培训、离退休人员费用和政策性补贴等，对公立医院承担的公共卫生服务任务给予专项补助，对传染病院、职业病防治院、精神病医院、中医院、妇产医院和儿童医院在投入上予以倾斜。三是推进医药收入分开改革，取消药品加成政策，医院由此减少的收入或形成的亏损，通过增设药事服务费、调整部分技术服务收费标准和增加政府投入解决，药事服务费纳入基本医疗保障报销范围。四是改革公立医院运行机制。实行岗位绩效工资制度。五是探索注册医师多地点执业的办法和形式。六是设立医院监管机构。全面推行医院信息公开制度，接受社会监督。七是严格控制公立医院建设标准和规模，严格控制特需医疗服务比例。八是优化公立医院布局和结构。对部分公立医院，可有计划、按步骤地进行优化重组，包括迁建、整合、转型、改制。九是开展专科医师准入试点。
